Pilot
Спеціального агента Дану Скаллі призначають напарником спеціального агента Фокса Малдера, аби допомагати йому у роботі над проектом «Цілком таємно». Сам Малдер вірить у паранормальні явища, адже його сестру викрали прибульці. Натомість Скаллі як науковець віддає перевагу логічним та раціональним аргументам. Під час роботи над першою спільною справою вони опиняються в Орегоні, де розслідують загадкову загибель декількох однокласників. Малдер вважає, що їх викрали прибульці.
Little Green Men
With the X-Files closed, Scully has been assigned as an instructor at the FBI Academy while Mulder is doing menial surveillance work. After meeting with Senator Matheson, one of his supporters in regards to The X-Files, Mulder disobeys orders and heads to an abandoned SETI site in Puerto Rico which has unexplainably reactivated itself and could provide proof of contact with extra-terrestrial life.
The Blessing Way
Scully finds her career with the FBI in jeopardy as Mulder is still missing and The Cigarette Smoking Man is pursuing the stolen files. The Navajo elders find Mulder’s body in a cave and perform an ancient ceremony to call the spirit back to the empty vessel.
Herrenvolk
Jeremiah Smith and Mulder are on the run from the alien bounty hunter and Smith takes Mulder to a small farm tended to by identical sets of children and all the girls are clones of his sister when she was still a child.